ผลข้างเคียงจากยาต้านไวรัสมีหลายอาการเช่น ปวดตามร่างกาย ปวดท้อง ท้องอืด อาเจียน วิตกกังวล นอนไม่หลับ ประสาทหลอน แขนขากล้ามเนื้อลีบ ปวดข้อ ซึ่งแต่ละคนจะเกิดขึ้นแตกต่างกันไป

แล้วผลข้างเคียงพวกนี้เกิดกับระยะไหนของการกินยาต้านได้บ้าง ต้องตอบว่า เกิดได้ตั้งแต่แรกที่รับยาต้านแต่เมื่อใช้ไปสักระยะร่างกายจะเกิดภาวะชินกับยาโดยผู้ติดเชื้อจะพบกับผลข้างเคียงอยู่ตลอดเพียงแต่ไม่ได้ใส่ใจเพราะเกิดอาการคุ้นชินแล้ว

ซึ่งทั้งนี้ผลข้างเคียงของยาต้านไวรัส จะมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับสภาพร่างกายของผู้ใช้และระยะเวลาในการใช้ยาต้านไวรัสและจะแตกต่างกันในแต่ละสูตรของยาต้านไวรัสด้วย แต่ในบางรายที่โชคดีก็ไม่พบผลข้างเคียง